Arrêt maladie et congés payés : la règle a changé, les pratiques rattrapent leur retard  

Pendant des décennies, le droit français appliquait une règle simple : un salarié en arrêt maladie non professionnelle n’acquérait pas de congés payés. La logique était claire – l’acquisition de congés suppose un travail effectif –, mais elle était en contradiction flagrante avec le droit européen. 

Trois arrêts rendus par la Cour de cassation le 13 septembre 2023 ont mis fin à cette anomalie, en reconnaissant explicitement le droit d’acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie. Le législateur a suivi avec la loi DDADUE, entrée en vigueur le 24 avril 2024. Et depuis, le droit des congés payés ne s’est pas arrêté de bouger, avec deux revirements jurisprudentiels majeurs en 2025, un arrêt de précision en janvier 2026 et une rétroactivité sur quinze ans qui a tenu les équipes paie en alerte pendant deux ans.

Ce n’est pas un simple ajustement technique. C’est une refonte complète des règles d’acquisition, de report et d’information, avec des conséquences opérationnelles concrètes pour quiconque gère des arrêts de travail.

La loi aligne l’ensemble des arrêts de travail sur un même principe : toute période d’absence pour raison médicale ouvre droit à congés payés. Mais les modalités diffèrent selon l’origine de l’arrêt. 

Pour les accidents du travail et maladies professionnelles, la loi supprime la limite d’un an qui prévalait jusqu’alors. Un salarié absent deux ans pour maladie professionnelle acquiert donc 30 jours de congés par année de référence, soit exactement les 5 semaines légales. 

L’employeur dispose d’un mois suivant la reprise du salarié pour lui communiquer, par tout moyen traçable (bulletin de paie, lettre remise en mains propres…), le nombre exact de jours de congés acquis et la période pendant laquelle ils peuvent être pris. Cette obligation n’est pas une formalité secondaire : tant que l’information n’a pas été transmise, le délai de report de 15 mois ne court pas. 

Lorsqu’un salarié ne peut pas prendre ses congés acquis pendant son arrêt, la loi lui accorde un délai de report de 15 mois à compter de la date d’information par l’employeur (article L. 3141-19-1 du code du travail). Ce délai peut être allongé par accord d’entreprise ou de branche, mais jamais réduit. 

Un arrêt d’un an ou plus génère une règle spécifique : si le salarié est absent pendant toute la période d’acquisition (généralement du 1er juin N-1 au 31 mai N), le délai de report de 15 mois commence automatiquement à courir à la fin de cette période. À la reprise, il est suspendu jusqu’à la transmission de l’information par l’employeur, puis repart pour la durée restante. 

À l’issue des 15 mois, sans prise effective des congés, les droits sont définitivement perdus. 

Dans un arrêt du 21 janvier 2026, la Cour de cassation a apporté une précision importante : le plafond de 24 jours de congés acquis en arrêt maladie non professionnelle s’apprécie par période de référence, et non de façon globale. Un salarié absent deux années consécutives peut donc potentiellement accumuler jusqu’à 48 jours de congés, les compteurs se remettent à zéro à chaque nouvelle période. Un point à modéliser en amont pour les collaborateurs en arrêt depuis plusieurs périodes consécutives.

La loi du 22 avril 2024 a posé les fondements, mais le droit n’a pas attendu pour aller plus loin. Deux revirements jurisprudentiels majeurs sont venus compléter ce cadre en 2025. 

Jusqu’au 10 septembre 2025, la jurisprudence française était ferme : si un salarié tombait malade pendant ses congés payés, ceux-ci étaient réputés pris. L’arrêt maladie ne donnait lieu à aucun report, car le congé était considéré comme la cause première de suspension du contrat. 

Cette position, contraire à la position de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) depuis 2012, a conduit la Commission européenne à mettre en demeure la France le 18 juin 2025. La Cour de cassation a donc opéré un revirement dans son arrêt du 10 septembre 2025 (n°23-22/732). Désormais, un salarié qui tombe malade pendant ses congés et qui notifie son arrêt à son employeur a le droit de voir ses congés reportés. 

Le second arrêt du 10 septembre 2025 (n°23-14.455) concerne le seuil de déclenchement des heures supplémentaires. La Cour de cassation a décidé que, lorsque le temps de travail est décompté à la semaine, les jours de congés payés doivent être intégrés dans le calcul. Un salarié qui pose un jour de congé et effectue plus de 35 heures en cumulant heures travaillées et jours de congés peut prétendre aux majorations pour heures supplémentaires.  

Un arrêt du 7 janvier 2026 a étendu cette règle aux salariés dont le temps de travail est calculé sur deux semaines. 

La loi DDADUE prévoyait une rétroactivité au 1er décembre 2009 pour les arrêts maladie non professionnelle. Les salariés encore en poste au 24 avril 2024 avaient jusqu’au 23 avril 2026 pour formuler une demande de régularisation auprès de leur employeur. Ce délai est désormais écoulé. 

Pour les salariés dont le contrat a été rompu, la prescription triennale classique s’applique à compter de la date de rupture du contrat. Pour les arrêts postérieurs au 24 avril 2024, les nouvelles règles s’appliquent de plein droit, sans démarche particulière du salarié. 

Deux catégories de situations restent donc à surveiller en 2026. D’abord, les contentieux prud’homaux liés à la période transitoire, notamment pour les salariés dont la situation était déjà engagée avant la forclusion. Ensuite, et c’est le point le plus opérationnel, les situations où l’information du salarié à sa reprise n’a pas encore été formellement transmise. Dans ce cas, le délai de report reste suspendu et les droits ouverts.

Dans le BTP, la gestion des congés payés est assurée par les caisses CIBTP (Caisses de Congés Intempéries Bâtiment Travaux Publics), qui prennent en charge le calcul des droits et le versement des indemnités. La période de référence court du 1er avril de l’année N-1 au 31 mars de l’année N, à la différence du régime général. Les salariés conservent leurs droits acquis en changeant d’employeur, à condition de rester dans le secteur. 

La convention collective nationale de la métallurgie (articles 83 et 84) maintient l’acquisition de 2,5 jours ouvrables par mois quelle que soit l’origine de l’arrêt. Elle plafonne, en revanche, la prise en compte des périodes d’absence selon l’ancienneté du salarié : 

• 2 mois d’absence pris en compte pour 1 an d’ancienneté
• 4 mois pour 5 ans d’ancienneté 
• 6 mois pour 10 ans d’ancienneté 
• 8 mois pour 20 ans d’ancienneté 

Dès lors qu’une convention collective prévoit des dispositions plus favorables que le Code du travail, c’est elle qui s’applique. Les équipes paie doivent s’assurer que leurs outils intègrent ces spécificités, notamment lors des calculs de clôture. 

Au-delà du cadre juridique, ces évolutions représentent une charge opérationnelle réelle. Trois chantiers méritent une attention particulière : 

Les nouvelles règles multiplient les cas particuliers : arrêts courts versus longs, origine professionnelle ou non, conventions collectives dérogatoires, report conditionné à l’information du salarié… Dans ce contexte, la saisie manuelle des droits à congés devient un facteur de risque élevé. Un outil de paie qui intègre nativement ces règles, y compris les plafonds par période de référence et les conventions collectives sectorielles, réduit mécaniquement l’exposition à l’erreur. 

L’obligation d’informer le salarié dans le mois suivant sa reprise n’est pas une simple formalité administrative : elle conditionne le départ du délai de report. Sans notification formelle, l’employeur s’expose à des droits qui restent ouverts indéfiniment. Ce processus doit être documenté, traçable et systématique, intégré au workflow de retour d’arrêt, au même titre que la transmission de l’attestation de salaire à la Sécurité sociale. 

Les arrêts longs, combinés à une information tardive à la reprise, peuvent générer des compteurs de congés plus élevés qu’anticipé, notamment depuis l’arrêt du 21 janvier 2026 qui clarifie le caractère annuel du plafond de 24 jours. Il est utile de modéliser ces situations en amont, notamment pour les collaborateurs en arrêt depuis plusieurs périodes de référence consécutives. 

Le droit des congés payés n’a pas fini de bouger. Ce que 2024 et 2025 ont démontré, c’est qu’une règle considérée comme acquise depuis des décennies peut être renversée en quelques mois. Par le législateur d’abord, par les juges ensuite. Pour les équipes paie et RH, la vigilance ne se limite plus à la bonne application d’un texte. Elle suppose un suivi continu des décisions de justice, une mise à jour régulière des process internes et des outils capables d’absorber ces changements sans friction.

La vraie question n’est pas de savoir si votre entreprise est conforme aujourd’hui. Mais de savoir si vos process vous permettront de l’être encore demain, quand la prochaine décision de la Cour de cassation redéfinira une nouvelle certitude.